Studi Homology Modeling Enzim Tirosinase (Homo Sapiens) Dengan Menggunakan Swiss-Model

Junaidin Junaidin, Shinta Chaerani, Nur’afifah Husniah Fadla

Sari


Agen pemutih kulit biasanya bekerja dengan mengurangi pigmen melanin yang merupakan sumber utama warna kulit dengan menghambat kerja enzim tirosinase. Enzim tirosinase adalah target yang menarik untuk pengembangan agen pemutih kulit. Studi in silico enzim tirosinase pada manusia masih terbatas dilakukan, dimana struktur 3D dari enzim tirosinase untuk manusia belum tersedia secara eksperimental. Penelitian ini bertujuan untuk memprediksi struktur 3D dari enzim tirosinase menggunakan program Swiss-Model®. Pembuatan model menggunakan metode homology modeling untuk memprediksi struktur 3D dari enzim tirosinase manusia. Pembuatan model enzim tirosinase pada manusia menggunakan template 5m8q dengan kesamaan 45%. Struktur 3D dari enzim tirosinase yang dihasilkan dari Swiss-Model® diperoleh skor QMEAN -2,95 yang menunjukkan kualitas model yang baik. Hasil evaluasi dan optimisasi kualitas model diperoleh dengan mengevaluasi nilai clashscore, persentase residu pada daerah yang tidak diizinkan, residu dengan skor rata-rata 3D-1D≥0,2 dan nilai skor model molprobity memenuhi persyaratan model yang baik.

Kata Kunci


Tirosinase, Homology Modeling, Swiss-Model®

Teks Lengkap:

PDF (English)

Referensi


Altschul, S., Gish, W., Miller, W., Myers, E., dan Lipman, D. 1990. Basic local

alignment search tool.Journal of Molecular Biology, 215(3), 403–410.

Benkert, P., Tosatto, S.C.E., dan Schomburg, D. 2007. QMEAN: A

comprehensive scoring function for model quality assessment.Proteins, 71,261–277.

Chang, TS. 2009. An update review of tyrosinase inhibitors. International Journal of Molecular Sciences. 10, 2440-2475.

Chen, V.B., Arendall III, W.B., Headd, J.J., Keedy, D.A., Immormino, R.M.,

Kapral, G.J., Murray, L.W., Richardson, J.S., dan Richardson, D.C. 2010. MolProbity: all-atom structure validation for macromolecularcrystallography. Biological Crystallography, 66, 12-21.

Cui, H., Duan, F., Jia, S., Cheng, F., dan Yuan, K. 2018. Antioxidant and tyrosinase inhibitory activities of seed oil from torreya grandis fort. ex lindl. Biomed Research International.

Joo, K., Lee, J., dan Lee, J. 2012. Methods for accurate homology modeling by

global optimization.Methods Mol Biol, 857, 175–88.

Lai, X., Wichers, H.J., Soler-Lopez, M., dan Dijkstra, B.W. 2017. Structure of human tyrosinase related protein 1 revealsa binuclear zinc active site important for melanogenesis. Angewandte Chemie International Edition, 56: 9812-9815.

Laskowski, R.A., Mac Arthur, M.W., Moss, D.S., dan Thornton, J.M. 1993.

PROCHECK: A program to check the stereochemical quality of protein

structures.J. Appl. Crystallogr, 26, 283-291.

Lu, Y., Chen, J., Wei, D., Wang, Z., dan Tao, X. 2009. Tyrosinase inhibitory effect and inhibitory mechanism of tiliroside from raspberry.Journal of Enzime Inhibition and Medicinal Chemistry, 24(5): 1154-1160.

Pearson, W.R. 2013. Selecting the right similarity-scoring matrix.Curr Protoc

Bioinformatics, 43, 351–359.

Pillaiyar, T., Manickam, M., danNamasivayam, V. 2017. Skin whitening agent: medicinal chemistry prespective of tyrosinase inhibitors. Journal of Enzime Inhibition and Medicinal Chemistry, 32(1), 403-425.

Schmidt,T., Bergner,A. dan Schwede,T. 2013. Modelling three-dimensional protein structures for applications in drug design.Drug Discov Today, 19(7), 890–897

Waterhouse, A., Bertoni, M., Bienert, S., Studer, G., Tauriello, G., Gumienny, R., Heer, F.T., de Beer, T.A.P., Rempfer, C., Bordoli, L., Lepore, R., dan Schwede, T. 2018. Swiss-Model: homology modelling of protein structures and complexes. Nucleic Acids Res, 46(W1), W296-W303.

Xiang, Z. 2006. Advances in homology protein structure modeling.National

Institutes of Health, 7(3), 217-227.

Xu, D. dan Zhang, Y. 2011. Improving the physical realism and structural

accuracy of protein models by a two-step atomic-level energy minimization.

Biophysical Journal, 101(10), 2525-2534.




DOI: http://dx.doi.org/10.47653/farm.v6i1.125

Refbacks

  • Saat ini tidak ada refbacks.


Creative Commons License
Jurnal Farmagazine is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.

Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat (LPPM)

Alamat Redaksi: Jln. KH Syekh Nawawi (Raya Pemda) KM. No. 4, Mata Gara, Kec. Tigaraksa, Tangerang, Banten 15720

Email: lppm@stfm.ac.id

Indexed By

  Hasil gambar untuk gambar template artikel  Hasil gambar untuk gambar template artikel  Hasil gambar untuk gambar template artikel  Hasil gambar untuk gambar template artikel  Hasil gambar untuk gambar template artikel  Hasil gambar untuk gambar template artikel  Hasil gambar untuk gambar template artikel  Hasil gambar untuk gambar template artikel 

 

Hasil gambar untuk gambar template artikel  Hasil gambar untuk gambar template artikel  DRJI Indexed Journal  Hasil gambar untuk gambar template artikel   Hasil gambar untuk gambar template artikel  Hasil gambar untuk gambar template artikel  Hasil gambar untuk gambar template artikel  Hasil gambar untuk gambar template artikel